En este trabajo se presenta una experiencia de innovación educativa dirigida a la transformación de la enseñanza y aprendizaje en cursos de ciencias básicas que se imparten en primer año del plan común de dos Facultades de la Universidad Católica de Temuco, Chile. Esta experiencia buscó contribuir al mejoramiento de las prácticas docentes efectivas para el logro de aprendizajes profundos de los estudiantes. Las innovaciones metodológicas que se están implementando en estos curso, corresponden a ‘Flipped Classroom’ y otras estrategias didácticas como: metodología de proyecto, aprendizaje entre pares, la resolución de problemas contextualizados y Classroom Assessment Tecniques con el apoyo de tecnologías. Los resultados obtenidos hasta el momento indican un mejoramiento en el rendimiento académico del curso, un rol más activo de los estudiantes lo que se refleja en un mayor involucramiento e interes por parte de ellos , al igual que un cambio en el modelo docente de uno centrado en la enseñanza a uno con énfasis en el aprendizaje de los estudiantes. Para ello, se realizó un rediseño del curso basado en el ‘alineamiento constructivo’ entre los resultados de aprendizaje, su forma de evaluación y sus actividades de aprendizaje.